灣區(qū)時訊 近日，豬禽種業(yè)全國重點實驗室、國家生豬種業(yè)工程技術研究中心、廣東省農業(yè)動物基因組學與分子育種重點實驗室，華南農業(yè)大學動物科學學院李加琪/張哲教授團隊聯(lián)合國內外多家合作單位，成功構建了豬大規(guī)模復雜性狀遺傳解析數(shù)據庫PigBiobank (http://pigbiobank.farmgtex.org/)，并于2023年11月13日在國際權威期刊Nucleic Acids Research（IF=14.9）發(fā)表了題為“PigBiobank: a valuable resource for understanding genetic and biological mechanisms of diverse complex traits in pigs”的研究論文（論文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad1080

精準解析豬復雜性狀對了解動物復雜性狀遺傳調控機制和提高豬群生產性能意義重大。然而，當前以豬復雜性狀為核心的綜合性數(shù)據庫匱乏，極大地限制了不同領域科學家對豬復雜性狀遺傳機制的深入探索。為幫助更多領域科學家精準解析豬復雜性狀，作為FarmGTEx國際畜禽動物研究計劃PigGTEx聯(lián)盟的系列工作之一， PigBiobank收集了來自全球71, 885頭豬的264個復雜性狀全基因組關聯(lián)分析（GWAS）結果、PigGTEx項目產生的豬34個組織5類分子數(shù)量基因座（molQTLs）結果、Ensembl等多種來源的豬多組學數(shù)據以及UKB等跨物種復雜性狀數(shù)據，并對這些大數(shù)據資源進行統(tǒng)一的整合分析和可視化，進而形成了以豬復雜性狀為核心的綜合性數(shù)據庫 PigBiobank (http://pigbiobank.farmgtex.org/)。

當前版本的PigBiobank數(shù)據庫中涵蓋了豬復雜性狀相關的豐富的數(shù)據，包括：豬264項全基因組關聯(lián)研究（GWAS）的1371288個顯著位點、豬34個組織5種分子表型的161680個全轉錄組關聯(lián)分析（TWAS）顯著位點、40978個孟德爾隨機化（MR）顯著關聯(lián)結果、30347個共定位分析（COLOC）顯著關聯(lián)結果，以及復雜性狀顯著位點的富集分析和基于統(tǒng)計量的遺傳參數(shù)等。PigBiobank網站提供了包括性狀、基因、基因組變異和基因組區(qū)域在內的4類查詢入口和用戶友好的查詢界面，同時還提供PheWAS、Cross-Species comparison等在線分析工具。作為豬遺傳育種領域重要的公共資源和PigGTEx聯(lián)盟的重要工作之一，PigBiobank將得到持續(xù)的更新，為全球研究者持續(xù)提供豬復雜性狀相關的大數(shù)據支撐。

動物科學學院博士生曾浩南、博士生張文勁、博士生林清及高亞輝副教授為論文第一作者。動物科學學院張哲教授、奧胡斯大學房靈昭助理教授、中國農業(yè)大學丁向東教授為論文的通訊作者，我校動物科學學院李加琪教授參與了項目指導。此外，中國農業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所、中山大學、南京農業(yè)大學、四川農業(yè)大學、山東農業(yè)大學、廣西大學等國內外15家研究機構參與了該研究。該研究得到國家自然科學基金（32022078）、國家重點研發(fā)計劃項目（2022YFF1000900）、廣東特支計劃畜禽種業(yè)本土創(chuàng)新團隊項目（2019BT02N630）和國家生豬產業(yè)技術體系（CARS-35）等項目的資助。

來源：華南農業(yè)大學

責任編輯/劉秀