灣區(qū)時(shí)訊 近日，豬禽種業(yè)全國重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家生豬種業(yè)工程技術(shù)研究中心、廣東省農(nóng)業(yè)動(dòng)物基因組學(xué)與分子育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，華南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院李加琪/張哲教授團(tuán)隊(duì)聯(lián)合國內(nèi)外多家合作單位，成功構(gòu)建了豬大規(guī)模復(fù)雜性狀遺傳解析數(shù)據(jù)庫PigBiobank (http://pigbiobank.farmgtex.org/)，并于2023年11月13日在國際權(quán)威期刊Nucleic Acids Research（IF=14.9）發(fā)表了題為“PigBiobank: a valuable resource for understanding genetic and biological mechanisms of diverse complex traits in pigs”的研究論文（論文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad1080

精準(zhǔn)解析豬復(fù)雜性狀對了解動(dòng)物復(fù)雜性狀遺傳調(diào)控機(jī)制和提高豬群生產(chǎn)性能意義重大。然而，當(dāng)前以豬復(fù)雜性狀為核心的綜合性數(shù)據(jù)庫匱乏，極大地限制了不同領(lǐng)域科學(xué)家對豬復(fù)雜性狀遺傳機(jī)制的深入探索。為幫助更多領(lǐng)域科學(xué)家精準(zhǔn)解析豬復(fù)雜性狀，作為FarmGTEx國際畜禽動(dòng)物研究計(jì)劃PigGTEx聯(lián)盟的系列工作之一， PigBiobank收集了來自全球71, 885頭豬的264個(gè)復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）結(jié)果、PigGTEx項(xiàng)目產(chǎn)生的豬34個(gè)組織5類分子數(shù)量基因座（molQTLs）結(jié)果、Ensembl等多種來源的豬多組學(xué)數(shù)據(jù)以及UKB等跨物種復(fù)雜性狀數(shù)據(jù)，并對這些大數(shù)據(jù)資源進(jìn)行統(tǒng)一的整合分析和可視化，進(jìn)而形成了以豬復(fù)雜性狀為核心的綜合性數(shù)據(jù)庫 PigBiobank (http://pigbiobank.farmgtex.org/)。

當(dāng)前版本的PigBiobank數(shù)據(jù)庫中涵蓋了豬復(fù)雜性狀相關(guān)的豐富的數(shù)據(jù)，包括：豬264項(xiàng)全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）的1371288個(gè)顯著位點(diǎn)、豬34個(gè)組織5種分子表型的161680個(gè)全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析（TWAS）顯著位點(diǎn)、40978個(gè)孟德爾隨機(jī)化（MR）顯著關(guān)聯(lián)結(jié)果、30347個(gè)共定位分析（COLOC）顯著關(guān)聯(lián)結(jié)果，以及復(fù)雜性狀顯著位點(diǎn)的富集分析和基于統(tǒng)計(jì)量的遺傳參數(shù)等。PigBiobank網(wǎng)站提供了包括性狀、基因、基因組變異和基因組區(qū)域在內(nèi)的4類查詢?nèi)肟诤陀脩粲押玫牟樵兘缑?，同時(shí)還提供PheWAS、Cross-Species comparison等在線分析工具。作為豬遺傳育種領(lǐng)域重要的公共資源和PigGTEx聯(lián)盟的重要工作之一，PigBiobank將得到持續(xù)的更新，為全球研究者持續(xù)提供豬復(fù)雜性狀相關(guān)的大數(shù)據(jù)支撐。

動(dòng)物科學(xué)學(xué)院博士生曾浩南、博士生張文勁、博士生林清及高亞輝副教授為論文第一作者。動(dòng)物科學(xué)學(xué)院張哲教授、奧胡斯大學(xué)房靈昭助理教授、中國農(nóng)業(yè)大學(xué)丁向東教授為論文的通訊作者，我校動(dòng)物科學(xué)學(xué)院李加琪教授參與了項(xiàng)目指導(dǎo)。此外，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所、中山大學(xué)、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)、四川農(nóng)業(yè)大學(xué)、山東農(nóng)業(yè)大學(xué)、廣西大學(xué)等國內(nèi)外15家研究機(jī)構(gòu)參與了該研究。該研究得到國家自然科學(xué)基金（32022078）、國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目（2022YFF1000900）、廣東特支計(jì)劃畜禽種業(yè)本土創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目（2019BT02N630）和國家生豬產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系（CARS-35）等項(xiàng)目的資助。

來源：華南農(nóng)業(yè)大學(xué)

責(zé)任編輯/劉秀